use super::lookup;
use std::sync::LazyLock;

// Copyright 2014 M. Rizky Luthfianto.
// Licensed under the MIT license (http://opensource.org/licenses/MIT)
// This file may not be copied, modified, or distributed
// except according to those terms.

static MAT: LazyLock<[i32; 27 * 27]> = LazyLock::new(|| {
    [
        6, -3, -6, -3, -2, -7, -1, -6, -4, -5, -6, -5, -4, -3, -3, -1, -3, -6, 0, 0, -3, -2, -12,
        -7, -2, -3, -15, -3, 6, -11, 6, 2, -9, -2, -1, -5, -7, -2, -8, -8, 6, -4, -6, -2, -6, -1,
        -2, -4, -7, -9, -6, 1, -4, -15, -6, -11, 9, -12, -12, -11, -8, -7, -5, -9, -12, -13, -12,
        -9, -8, -7, -12, -7, -2, -7, -8, -5, -14, -3, -12, -8, -15, -3, 6, -12, 7, 3, -13, -3, -3,
        -6, -9, -4, -11, -9, 2, -5, -7, -2, -9, -3, -4, -5, -7, -13, -10, 2, -5, -15, -2, 2, -12,
        3, 7, -12, -3, -4, -5, -7, -4, -8, -6, -1, -4, -5, 2, -8, -4, -5, -4, -6, -15, -8, 6, -4,
        -15, -7, -9, -11, -13, -12, 9, -8, -5, -2, -2, -12, -2, -3, -8, -7, -9, -11, -8, -6, -8,
        -7, -7, -4, 2, -12, -7, -15, -1, -2, -8, -3, -3, -8, 6, -8, -9, -9, -6, -9, -7, -2, -4, -5,
        -6, -8, -1, -5, -4, -5, -13, -12, -4, -4, -15, -6, -1, -7, -3, -4, -5, -8, 9, -8, -7, -5,
        -5, -9, 1, -4, -3, 1, -1, -5, -6, -4, -6, -6, -3, 0, -4, -15, -4, -5, -5, -6, -5, -2, -9,
        -8, 8, 4, -5, -1, 0, -4, -4, -7, -7, -5, -6, -2, -4, 2, -12, -5, -5, -4, -15, -5, -7, -9,
        -9, -7, -2, -9, -7, 4, 4, -6, 3, 1, -5, -5, -7, -6, -7, -7, -4, -5, 0, -9, -6, -6, -5, -15,
        -6, -2, -12, -4, -4, -12, -6, -5, -5, -6, 6, -7, -1, 0, -4, -6, -2, 1, -3, -2, -4, -8, -10,
        -8, -3, -4, -15, -5, -8, -13, -11, -8, -2, -9, -5, -1, 3, -7, 7, 1, -6, -5, -6, -4, -8, -7,
        -6, -5, -2, -5, -6, -6, -5, -15, -4, -8, -12, -9, -6, -3, -7, -9, 0, 1, -1, 1, 11, -7, -4,
        -7, -3, -3, -5, -3, -4, -1, -11, -10, -4, -4, -15, -3, 6, -9, 2, -1, -8, -2, 1, -4, -5, 0,
        -6, -7, 7, -3, -5, -3, -5, 0, -1, -3, -7, -7, -4, -2, -3, -15, -3, -4, -8, -5, -4, -7, -4,
        -4, -4, -5, -4, -5, -4, -3, -4, -4, -4, -5, -2, -3, -4, -4, -9, -7, -4, -4, -15, -1, -6,
        -7, -7, -5, -9, -5, -3, -7, -7, -6, -6, -7, -5, -4, 8, -2, -3, -1, -3, -4, -5, -12, -12,
        -3, -4, -15, -3, -2, -12, -2, 2, -11, -6, 1, -7, -6, -2, -4, -3, -3, -4, -2, 8, -1, -4, -5,
        -4, -6, -11, -10, 6, -4, -15, -6, -6, -7, -9, -8, -8, -8, -1, -5, -7, 1, -8, -3, -5, -5,
        -3, -1, 8, -2, -5, -5, -7, -1, -9, -3, -5, -15, 0, -1, -2, -3, -4, -6, -1, -5, -6, -7, -3,
        -7, -5, 0, -2, -1, -4, -2, 6, 1, -2, -5, -4, -6, -4, -2, -15, 0, -2, -7, -4, -5, -8, -5,
        -6, -2, -4, -2, -6, -3, -1, -3, -3, -5, -5, 1, 7, -3, -2, -11, -6, -5, -3, -15, -3, -4, -8,
        -5, -4, -7, -4, -4, -4, -5, -4, -5, -4, -3, -4, -4, -4, -5, -2, -3, -4, -4, -9, -7, -4, -4,
        -15, -2, -7, -5, -7, -6, -7, -5, -6, 2, 0, -8, -2, -1, -7, -4, -5, -6, -7, -5, -2, -4, 7,
        -14, -6, -6, -4, -15, -12, -9, -14, -13, -15, -4, -13, -6, -12, -9, -10, -5, -11, -7, -9,
        -12, -11, -1, -4, -11, -9, -14, 13, -4, -13, -9, -15, -7, -6, -3, -10, -8, 2, -12, -3, -5,
        -6, -8, -6, -10, -4, -7, -12, -10, -9, -6, -6, -7, -6, -4, 10, -8, -7, -15, -2, 1, -12, 2,
        6, -12, -4, 0, -5, -6, -3, -6, -4, -2, -4, -3, 6, -3, -4, -5, -4, -6, -13, -8, 6, -4, -15,
        -3, -4, -8, -5, -4, -7, -4, -4, -4, -5, -4, -5, -4, -3, -4, -4, -4, -5, -2, -3, -4, -4, -9,
        -7, -4, -4, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15,
        -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, -15, 1,
    ]
});

/// Return the PAM40 substitution matrix score of [a, b]
///
/// # Example
///
/// ```
/// use bio::scores::pam40;
/// assert_eq!(pam40(b'H', b'A'), -6);
/// ```
pub fn pam40(a: u8, b: u8) -> i32 {
    let a = lookup(a);
    let b = lookup(b);
    MAT[27 * a + b] // a = column index, b = row index
}

#[cfg(test)]
mod tests {
    use super::*;

    #[test]
    fn test_pam40() {
        let score1 = pam40(b'A', b'A');
        assert_eq!(score1, 6);
        let score2 = pam40(b'*', b'*');
        assert_eq!(score2, 1);
        let score3 = pam40(b'A', b'*');
        assert_eq!(score3, -15);
        let score4 = pam40(b'*', b'*');
        assert_eq!(score4, 1);
        let score5 = pam40(b'X', b'X');
        assert_eq!(score5, -4);
        let score6 = pam40(b'X', b'Z');
        assert_eq!(score6, -4);
    }
}
